El doctorado en Medicina tropical fue aprobado en el Plan Estratégico 2006-2010 del Consejo de Rectores del Sistema Universitario Estatal del Caribe Colombiano y fue creado  mediante el acuerdo 023 del 27 de noviembre del 2008, para buscar la formación de investigadores en áreas específicas de la Medicina Tropical, que contribuyeran a la generación, transferencia, apropiación y aplicación del conocimiento, para la solución de problemas tecnológicos, productivos, ambientales y académicos de la región y del país.