El 19 de marzo de 1998, mediante el Acuerdo 010, el Consejo Superior Universitario crea la Especialización en Gerencia en Salud, en convenio con INNOSALUD, para lo cual se otorga el registro calificado ICFES 112056105820113100 del 26 de enero 2000, dando inicio a la primera cohorte del convenio el 10 de marzo de 2000, finalizando en el segundo periodo de 2001, conformada por 14 estudiantes. La segunda cohorte con 30 estudiantes, dio inicio en septiembre de 2002, hasta mayo del 2004. Una vez finalizada esta cohorte, se dio por terminado el convenio con INNOSALUD.