El Programa de Especialización en Gerencia en Salud inició sus labores académicas en 1996, mediante un convenio establecido con la Universidad del Norte, de la ciudad de Barranquilla, con la que se diseñó un plan de estudio organizado, para formar Especialistas en Gerencia en Salud, atendiendo la solicitud de un grupo de profesionales de la salud de varias instituciones de la ciudad y de otros municipios del departamento del Cesar; solicitud aceptada, bajo los lineamientos de la época. En el segundo semestre de 1996, arranca la cohorte en convenio la Universidad del Norte, con 30 estudiantes, la mayoría profesionales de la salud, en los que se incluyeron 2 docentes del programa de Enfermería de la facultad Ciencias de la Salud. Esta cohorte recibió su título de Especialista en Gerencia de Servicios de Salud, el 29 de agosto de 1997.

El 19 de marzo de 1998, mediante el Acuerdo 010, el Consejo Superior Universitario crea la Especialización en Gerencia en Salud, en convenio con INNOSALUD, para lo cual se otorga el registro calificado ICFES 112056105820113100 del 26 de enero 2000, dando inicio a la primera cohorte del convenio el 10 de marzo de 2000, finalizando en el segundo periodo de 2001, conformada por 14 estudiantes. La segunda cohorte con 30 estudiantes, dio inicio en septiembre de 2002, hasta mayo del 2004. Una vez finalizada esta cohorte, se dio por terminado el convenio con INNOSALUD.

En el 2004, se inicia la gestión para realizar un estudio de mercado y gestionar ante el ICFES, un nuevo registro calificado para la Especialización en Gerencia en Salud, propia de la Universidad. En 2007, la Especialización reabre su Tercera, Cohorte, el 14 de septiembre, bajo la Coordinación Académica de la Enfermera, Aleydis Julio Peterson; durante este periodo se dio una reestructuración Curricular, con cambio en el número de créditos y en los contenidos de los micro currículos; se dio la vinculación de nuevos docentes adscritos a Universidad Popular del Cesar y otras Universidades del país.

En 2008, se inició la elaboración del Documento Maestro para condiciones mínimas de calidad del programa (Decreto 2566 del 10 de septiembre de 2003), el cual finalizó en enero de 2009 y fue radicado en el Ministerio de Educación Nacional, para la evaluación de la situación administrativa y académica del programa. El registró otorgado tuvo duración de 5 años.

En 2012, se inicia el proceso de construcción del Documento Maestro para la Renovación del Registro Calificado, en el cual se constituyó un equipo de trabajo para dar cumplimiento con las condiciones mínimas exigidas para el registro. Se propuso establecer un número de 29 créditos para desarrollarse en 1392 horas durante 3 semestres de 16 semanas cada uno. El nuevo registro se otorgó el 12 de diciembre de 2014, mediante la Resolución 21027, con vigencia de 7 años, dando inicio a la Octava cohorte en 2016-2, la cual finalizó en el 2017-2. En 2018-1 se inicia la Novena cohorte finalizando en 2019-1. La Decima cohorte inicia en 2019-2, finalizando en 2020-2; se espera que la última cohorte de este registro, la Once cohorte, inicie en el 2021-2 y finalice en el 2022-2.

Próximo a cumplir la fecha de vencimiento en diciembre de 2021, el programa de Especialización en Gerencia en Salud tiene listo su nuevo Documento Maestro, con cambios estructural en el plan curricular, el cual debe entrar en vigencia a partir de 2023-1, período en el que iniciaría la Doce cohorte. En este proceso innovador de reforma curricular, se propone un Plan de estudios con 25 Créditos Académicos con 1200 horas para desarrollarse en 2 semestres de 16 semanas cada uno. De igual manera, el número de asignaturas pasó de 22 a 12, cumpliendo con los lineamientos establecidos por el Decreto 1330 de 2019 y la Resolución 021795 del 19 de noviembre de 2020, la cual establece los parámetros de autoevaluación, verificación y evaluación de las condiciones de calidad de programas, reglamentadas en el Decreto 1075 de 2015, modificado por el Decreto 1330 de 2019, para la obtención y renovación del Registro Calificado.